Sistem jaminan legalitas kayu Indonesia didasarkan atas suatu pendekatan sertifikasi yang juga dikenal sebagai "pemberian izin berbasis operator". Sejumlah Lembaga Penilai Kesesuaian, yang dikenal sebagai Lembaga Penilai (LP) dan Lembaga Verifikasi (LV) harus melakukan verifikasi legalitas operasi produsen kayu, pedagang, pengolah dan eksportir kayu.

Lembaga-Lembaga Penilai Kesesuaian ini memastikan bahwa perusahaan yang diverifikasi beroperasi sesuai dengan definisi legalitas Indonesia dan mempunyai pengendalian rantai pasokan yang dapat dipercaya. Perusahaan yang memenuhi persyaratan ini diberikan sertifikat legalitas untuk jangka waktu tiga tahun dan harusmenjalani penilikan paling tidak sekali setahun. Setelah tiga tahun sertifikat legalitas berakhir dan dapat diperbaharui setelah terlebih dahulu mengajukan permohonan untuk pembaharuan dan untuk menjalani kembali verifikasi legalitas.

Lembaga-Lembaga Penilai Kesesuaian diakreditasi oleh Komite Akreditasi Nasional (KAN) berdasarkan standar ISO/ IEC dan ditetapkan untuk melaksanakan tugas pengauditannya oleh Kementerian Kehutanan, dan juga melaporkan hasil akhir auditnya kepada Kementerian Kehutanan. Seperti kegiatan sertifikasi hutan pada umumnya, Lembaga-Lembaga Penilai Kesesuaian dikontrak oleh perusahaan yang ingin diberikan sertifikat legalitas dan diwajibkan untuk beroperasi sesuai dengan pedoman-pedoman ISO.

Lembaga-Lembaga Penilai Kesesuaian juga memeriksa para eksportir kayu. Bila legalitas dipatuhi, mereka akan diberikan lisensi ekspor berupa dokumen V-Legal atau, pada waktu VPA telah sepenuhnya diimplementasikan, akan diberikan dokumen Lisensi FLEGT bila pengiriman dimaksudkan ke UE. Pada waktunya semua ekspor tanpa surat dokumen V-Legal akan dilarang. Pada waktu memberikan lisensi pengapalan kayu, Lembaga-Lembaga Penilai Kesesuaian akan memeriksa apakah 1) perusahaan serta semua pemasoknya merupakan pemegang sertifikat legalitas yang sah dan dengan demikian beroperasi sesuai dengan definisi legalitas Indonesia; dan 2) mencocokkan data perdagangan di antara berbagai pemasok ke eksportir untuk memastikan bahwa tidak ada kayu yang tidak diverifikasi memasuki rantai pasokan.

Bila eksportir, atau salah satu di antara para pemasoknya, tidak memegang sertifikat legalitas yang sah, atau ternyata telah melanggar peraturan terkait maka beberapa hal bisa terjadi: pertama-tama permintaan untuk lisensi ekspor akan ditolak, dengan demikian menghentikan rencana pengiriman; kedua eksportir yang bersangkutan akan berisiko kehilangan sertifikat legalitasnya sama sekali, sehingga semua ekspor mustahil dilakukan sebelum eksportir tersebut memperbaiki cara beroperasinya; dan ketiga, apabila kegiatan ilegal dapat dibuktikan maka eksportir tersebut atau pemasoknya akan berisiko dihadapkan kepada tuntutan hukum.